Роден е в Котел в семейството на Цонко и Гана Хаджи Танасова, внук е по бащина линия на Софроний Врачански. Името Богориди е дадено на него и на брат му Атанас в чест на княз Борис I Кръстител, известен и като Богорис. Стефан Богориди учи в гръцкия колеж „Свети Сава“ в Букурещ, където сменя рожденото си име Стойко с гръцкото Стефан. След като учителства по препоръка на дядо си Софроний Врачански известно време във фанариотско семейство в Истанбул Стефан Богориди постъпва като преводач в османската флота и през 1799 г. участва в експедиционния корпус на Мустафа паша (бъдещия султан Мустафа IV) срещу дебаркиралия през 1798 г. в Египет френски корпус на Наполеон Бонапарт. В сражението срещу французите при Абу Кир на 17 август османските сили претърпяват съкрушително поражение и Стефан Богориди е спасен по случайност от британски кораб.
През 1812 г. Стефан Богориди отива в Молдова с княз Скарлат Калимахи, който го назначава за губернатор на Галац (1812 – 1819). В 1821 г. по време на Влашкото въстание на Тудор Владимиреску и последвалото нахлуване на Филики Етерия във Влашко Богодири е номинален каймакам на Влашко. На следващата година след бързата османска офанзива срещу Александрос Ипсилантис, Богориди е каймакам на Молдова, а след това става драгоман в османската флота (1823 – 1825). Между 1825 и 1828 г. е изпратен на заточение в Измит (Никомедия), Мала Азия.
След Руско-турската война (1828-1829) и последвалия я Одрински мирен договор Стефан Богориди оглавява османската делегация в Санкт Петербург, която трябва да уреди спорните въпроси с Русия. Богориди се справя успешно с мисията и печели доверието на султан Махмуд II, който го назначава за свой съветник. В продължение на 30 години Стефан Богориди участва във всички големи и важни преговори и решения на Високата порта – за признаване независимостта на Гърция през 1830, при подготовката на Ункярискелесийския договор (1833), при определянето на статута на Дунавските княжества. Английският посланик в Цариград Канинг, по-късно лорд Стратфорд, разказва в мемоарите си как, благодарение на дипломатическата мисия на Стефанаки бей Гърция получила своята независимост.
През 1830 г. няколко видни букурещки българи – Васил Ненович, Иван Селимински, Михаил Кифалов и д-р Никола Пиколо изработват проект за автономно българско княжество в Добруджа. Проектът е представен пред Дивана на Влашко. С него е запознат и княз Стефан Богориди, който прави опит да представи идеята пред турските власти, но без успех.
За заслугите на Богориди Махмуд II му дава титлата княз (на турски bey, бей, на гръцки ηγεμόνας, игемонас) и през 1834 г. го назначава за управител на остров Самос. Богориди, който прекръщава Вати, главния град на острова на свое име — Стефануполис (на гръцки Στεφανούπολις), посещава Самос само веднъж през 1839 и управлява острова от Цариград. От 1844 до 1849 г. наместник на Богориди в Самос е личният му секретар Гаврил Кръстевич. Богориди е мразен от местното гръцко население заради алчността и диктаторските си методи на управление. През 1849 самосците се разбунтуват срещу него и султанът го сваля през 1850.
В същата 1850 г. след масовото селско въстание във Видинско, Белоградчишко, Кулско и Ломско през месеците май и юни, породено от неприлагането на аграрната реформа в този край, Високата порта под влиянието на княз Стефан Богориди извършва административна реформа, като оформя нова административна област от трите въстанали нахии. Започва прилагането на аграрната реформа, като българите имат възможност да получават земя.
При султан Абдул Меджид I Стефан Богориди е член на Танзиматския съвет и имперски съветник, длъжност, създадена специално за него. Стефан Богориди е единственият християнин, който от превземенето на Константинопол от османските турци през 1453 г. е приемал в къщата си турски султан. През август 1849 г. Стефан Богориди получава от султана разрешение за построяване на българска църква в Цариград и дарява къщата си в квартала Фенер (1849). Чрез доброволни помощи е построен малък параклис, осветен на 9 октомври 1849 г., който е посветен на Свети Стефан в чест на Стефан Богориди. На същото място по късно е издигната известната Желязна църква.
Стефан Богориди поддържа и елино-българското училище в родния си Котел и покровителства много български студенти, като Гаврил Кръстевич и Георги Раковски в обучението им в Цариград и чужбина.
Внукът му Емануил Богориди пише за него: